Тюрьма в Гуантанамо появилась в январе 2002 года, когда туда были доставлены из Афганистана первые 20 человек, обвиняемых «в участии в боевых действиях на стороне исламских экстремистов» — талибов.
С 2002 по 2006 через неё прошло свыше 750 иностранцев, захваченных американскими войсками в ходе операций на территории Афганистана и Ирака. Все они, по утверждению американских военных, участвовали в операциях на стороне «Аль-Каиды» или движения Талибан. Около 250 человек за это время освободили, перевели в другие тюрьмы или выдали странам, гражданами которых они являются (среди экстрадированных было семь граждан России). Имена остальных до апреля 2006 года держались в строжайшем секрете «по соображениям безопасности».
В апреле Пентагон представил список 558 бывших и нынешних заключённых Гуантанамо из 41 страны. По состоянию на апрель 2006 в тюрьме оставалось 490 узников, из которых лишь десяти были предъявлены официальные обвинения. Большинство — граждане Саудовской Аравии (132 человека), Афганистана (125) и Йемена (107).
